De Commissie Wetenschap & Innovatie is ingesteld ter bevordering van de wetenschap en innovatie op het gebied van de preventie, diagnostiek en behandeling van infectieziekten. Dit doet zij door het organiseren van het najaarscongres, door een actief aan te sluiten bij de wetenschappelijke activiteiten van de Federatie Medisch Specialisten en door het opstellen en bijhouden van een eigen Kennisagenda.

De Commissie W&I heeft een subcommissie die het najaarscongres organiseert. Deze bestaat uit Angga Yusuf, voorzitter (Erasmus MC), Michael Rodgers (Radboudumc), Stefan Vestjens (Diakonessenhuis Utrecht) en Elizabeth Morreel tot mei 2026 (Maastricht UMC+).