De Commissie Wetenschap & Innovatie is ingesteld ter bevordering van de wetenschap en innovatie op het gebied van de preventie, diagnostiek en behandeling van infectieziekten. Dit doet zij door het organiseren van het najaarscongres, door een actief aan te sluiten bij de wetenschappelijke activiteiten van de Federatie Medisch Specialisten en door het opstellen en bijhouden van een eigen Kennisagenda.

De Commissie W&I heeft een subcommissie die het najaarscongres organiseert. Deze bestaat uit Marleen van Oosten, Angga Yusuf, Karin van Dijk, Carla van Tienen en Stephanie Popping.