In het medisch-microbiologisch laboratorium (MML) wordt klinisch patiëntmateriaal onderzocht op de aanwezigheid van pathogene bacteriën, virussen, schimmels of parasieten. De diagnostiek berust op het aantonen van de betreffende verwekker met behulp van kweek, moleculaire diagnostiek of op het serologisch aantonen van een immuunrespons in bloed of liquor. Een belangrijk onderdeel van het laboratoriumonderzoek vormt het bepalen van resistentiepatronen tegen antimicrobiële middelen. Kennis van de gevoeligheid van (myco)bacteriën, parasieten en virussen is essentieel voor het instellen van een juiste behandeling.

Het praktische laboratoriumwerk wordt door microbiologisch analisten verricht. In veel MML’s werken ook medisch- moleculair microbiologen. Zij werken mee aan de uitvoering en ontwikkeling van de moleculaire diagnostiek, zoals bijvoorbeeld PCR. De arts-microbioloog is medisch eindverantwoordelijk voor de diagnostiek en interpreteert de laboratoriumresultaten in de context van de symptomen van de patiënt. Als arts-microbioloog werk je nauw samen met analisten en medisch-moleculair microbiologen met betrekking tot de technische uitvoering van de diagnostiek.

Overleg met de behandelaar (huisarts, specialist, paramedici) is een belangrijk onderdeel van het werk van de arts-microbioloog. Een arts-microbioloog adviseert de behandelaar naar aanleiding van de resultaten van het diagnostisch onderzoek. Andersom kan een behandelaar de arts-microbioloog consulteren naar aanleiding van patiënten casus. De arts-microbioloog geeft advies over verdere diagnostiek, af te nemen materialen, differentiaaldiagnose en empirische – of alternatieve behandeling.

Daarnaast neemt de arts-microbioloog deel aan multidisciplinair patiëntenoverleg, zoals de IC-bespreking. Soms wordt er besloten tot (mede)beoordeling van de patiënt zelf, bijvoorbeeld bij wonden of huiduitslag, of een onduidelijke anamnese.

De afdeling infectiepreventie is vaak onderdeel van de afdeling medische microbiologie. Ook hier is de arts-microbioloog inhoudelijk eindverantwoordelijk. Er wordt beoordeeld welke maatregelen getroffen moeten worden om het ontstaan en verspreiding van (ziekenhuis)infecties te voorkomen. Het voorkomen en tegengaan van ziekenhuisinfecties is essentieel voor de patiëntveiligheid in het ziekenhuis.

Artsen-microbioloog en het MML leveren belangrijke bijdragen aan de openbare gezondheidszorg. MML zijn op basis van de infectieziektewet verplicht bepaalde infectieziekten te melden bij de GGD. Voorbeelden zijn kinkhoest, tuberculose, malaria en hepatitis B-infecties. Ook uitbraken van infecties in instellingen moeten gemeld worden, ten behoeve van een tijdige bronopsporing. Artsen-microbioloog spelen ook een belangrijke rol bij de advisering rond nieuwe infectiedreigingen, zoals tijdens de coronaviruspandemie.

Laboratoria spelen een belangrijke rol in de surveillance van infectieziekten in Nederland. GGD, RIVM en MML werken hier nauw samen en vormen zo een infectieziektezorgnetwerk voor de bestrijding van infectieziekten in Nederland.

Artsen-microbioloog verzorgen veelvuldig onderwijs aan de eigen aios, maar ook aan andere aios en specialisten buiten de medische microbiologie. Daarnaast vindt buiten het ziekenhuis onderwijs plaats aan bijvoorbeeld huisartsen en specialisten ouderengeneeskunde.

Het vak verandert voortdurend en de kennis en kunde die je ontwikkelt tijdens het opzetten en uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek zijn de basis om deze ontwikkelingen bij te houden. In de opleiding is daarom ook tijd ingeruimd (of: ruimte) voor wetenschappelijk onderzoek. Jaarlijks vinden wetenschappelijke bijeenkomsten plaats, georganiseerd door de beroepsgroep waar Nederlandse aios hun wetenschappelijke onderzoeksresultaten en interessante casuïstiek presenteren.

In een laboratorium werken veel mensen samen, met verschillende achtergronden en functies. Er is een continu proces van instroom van materialen en uitstroom van resultaten. Er zijn exploitatiekosten, personeelskosten en investeringskosten. Er wordt gewerkt aan innovatie en ontwikkeling. De kwaliteit moet geborgd zijn. Er moet rekening gehouden worden met wet- en regelgeving. Artsen-microbioloog hebben een belangrijke plaats in het management van het laboratorium.